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扫描电镜样品在制备、搬运或观察过程中容易受到油污、灰尘、有机物或金属微粒等污染，这些污染不仅会影响成像清晰度，还可能导致电荷积聚、对比度下降或出现伪影。因此，在进行观察前，样品的清洁处理十分关键。

首先，应根据样品材质选择合适的清洁方式。对于金属、陶瓷等硬质样品，可采用超声波清洗。将样品放入异丙醇、丙酮或去离子水等清洗液中，用超声波振动清除表面附着的油脂与尘粒。清洗时间一般控制在几分钟以内，以避免样品结构受损。清洗后应使用洁净的氮气或空气轻轻吹干，防止水渍残留。

其次，对于生物样品或柔软材料，应采用低侵蚀性的清洁方法。可以用干净的滤纸、棉签或氮气流轻轻拂去灰尘，避免使用强溶剂或超声，以免损伤样品表面结构。如果样品允许，可使用低能等离子清洗（如氧等离子体）去除表面有机污染物，此法能有效改善导电性与成像对比。

此外，真空环境下的电子束污染也常见，尤其在样品含有残留有机物时。此时应提前在真空烘箱中进行烘干处理，去除挥发性物质，或在显微镜内进行预辐照清除。对于重复使用的样品台、样品夹等附件，也应定期用溶剂或等离子清洁，以避免二次污染。

需注意清洁完成后样品应放置在洁净、防尘、低湿环境中储存，尽量减少与空气和手接触。不同类型的样品对清洁方法的耐受性和适用性差异较大，不同品牌设备对样品前处理的要求也不尽相同，因此在操作前应根据样品特性及仪器厂家建议选择最合适的清洁方式，以确保成像质量稳定可靠。