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如果样品表面起伏大，在扫描电镜下直接拍容易出现失焦、对比不均匀或者局部模糊。处理思路主要有几个：

降低工作距离（WD），但要保证不撞针或样品；较短的 WD 会提升景深，但极端起伏还是有限。

使用较小光孔（Aperture） 和较低加速电压，可以增加景深，同时减少高低起伏处的电荷积累。

分区域拍摄：把样品表面分成几块相对平整的小区域，各自调焦拍摄，再后期拼接成全景图。

焦平面扫描/堆叠拍摄（Focus Stacking）：在高低不同位置多次调焦拍照，后期软件叠加生成整幅清晰图像。

样品预处理：对过高或过低的部分做轻微抛光或填充（如果允许）可以减少焦点变化。

倾斜样品或旋转，尽量让起伏方向沿扫描线，减少焦点差异。