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扫描电镜样品高度差很大时，对成像和操作都会产生明显影响，而且在高倍下问题会被放大。

直接的影响是对焦困难。高度差大的样品，不同区域需要完全不同的焦距，某一处清楚时，其他位置就会虚，尤其在高倍率下景深很浅，整体很难同时清晰。

其次是亮度和对比度不一致。样品表面起伏大会导致电子收集效率变化，高处和低处信号强弱不同，图像容易出现一边亮、一边暗，层次不均匀。

高度差还会引起像差和畸变。样品局部距离物镜太近或太远，会偏离适合的工作距离，边缘区域更容易出现模糊、拉伸或变形。

如果高度差接近或超过安全工作距离，还存在撞镜或碰探测器的风险，尤其是在调焦、换倍率或移动样品时。

在低加速电压和高倍成像时，高度差还会加重充电效应，局部区域更容易发亮、闪烁或细节丢失。